Le premier travail des missionnaires français fut, comme on l'a vu, de parcourir le pays pour dissiper les craintes nées des calomnies répandues sur l'origine et le but du protestantisme, de rassembler les fidèles dispersés, de leur faire rendre, si possible, leurs lieux de culte.
Cela ne fut pas fait en un jour. Il y avait bien des ruines accumulées, et bien des blessures à panser. D'ailleurs si, en haut lieu, on avait compris la situation et commencé à rendre justice au loyalisme et à l'entier désintéressement des missionnaires étrangers, beaucoup de sous-ordres conservaient leurs préventions, et les jésuites ne désarmaient pas.
M. Élisée Escande, dans un rapport du 27 octobre 1897, précisait les obstacles devant lesquels venaient encore se heurter les efforts des missionnaires.

« La première difficulté provient de la non, rétrocession des temples pris. Tant que nos temples resteront affectés au culte romain, les Malgaches, sans le connaître, souscriront au mot célèbre : « La France au dehors c'est le catholicisme... » Je me rappellerai longtemps le ton triste avec lequel un fidèle me disait :
« Nous pensions qu'avec un missionnaire protestant français, nos temples nous seraient rendus. » Il est vrai qu'il ajoutait : Eh bien, nous louerons une case et vous appellerons. »

« Louer une case, c'est facile à dire, et même à trouver, mais, parfois, quelle case ! Une chambre de quatre, six, huit mètres carrés tout au plus, au plafond bas, aux murs enfumés, et où devront se serrer, comme des anchois dans un baril, les quelques personnes qui osent venir à notre culte.

« Certes, il est des faits réjouissants et qui m'ont ému jusqu'aux larmes. Ainsi, quand, arrivant dans un village, je trouvais une chambre pleine de personnes assises par terre sur la natte, tellement pressées que j'avais peine à me tenir debout au milieu d'elles, et chantant à gorge déployée ces beaux cantiques malgaches qu'ils n'avaient pas chantés depuis plus d'un an peut-être. Sans doute, quand je devais mettre la plaque « École protestante française » sur une telle case, j'étais heureux, en un sens, fier même, de rouvrir le culte protestant dans cet endroit ; mais quelle humiliation en songeant au local, petit, mal éclairé, et à son ameublement ! Une case, des nattes par terre, un registre, un peu de craie, un livre de lecture française, un livre de lecture malgache, un crayon, une ou deux brochures, comme un petit catéchisme, quelques cahiers d'un ouvrage pour apprendre le français, c'est tout ce que je puis donner à mon instituteur. Ni un tableau noir, ni une ardoise, ni un banc, rien, rien, rien, comme c'est misérable ! Et, à côté, quelques mètres plus loin, le temple, grand, vaste, spacieux, avec bancs, tableaux, etc. Comment voulez-vous qu'avec cela les gens aient confiance et reviennent à nous ?
« Mais là n'est pas encore la plus grande difficulté.

« Dans un but louable, je le crois au moins, le résident d'Ambositra exige que les parents qui veulent que leurs enfants changent d'école en avertissent, la veille, l'instituteur avec deux témoins, et le lendemain, avec ces deux témoins, aillent trouver l'instituteur chez qui l'enfant est placé.

« Si nous étions dans un état normal, on n'aurait rien à dire à une pareille mesure ; avec l'état des esprits, elle est d'une application extraordinairement difficile et entrave le recrutement des élèves de nos écoles. Ici l'instituteur catholique est invisible, il se cache, se sauve quand il voit des parents venir vers lui. Là, les témoins sont introuvables, ils te veulent rien avoir à faire avec le gouvernement. Dans un troisième endroit, l'instituteur habite dans une petite maison attenant à l'église et entourée d'un mur : on n'ose entrer dans l'enceinte, craignant d'être accusé. Autre part, l'instituteur catholique est tellement craint, qu'on n'ose l'approcher. Mettez sur la lâcheté naturelle des Malgaches tout ce que vous voudrez, blâmez-les, exhortez-les au courage : malheureusement, des faits, dont j'ai été le témoin, m'ont montré ce qu'il en coûte d'avoir ce courage-là.

« C'est ici la troisième difficulté, la plus grande, et pour laquelle, jour et nuit, j'implore l'intervention directe de Dieu, car Lui seul y peut quelque chose. Je veux parler des accusations portées contre les gens qui deviennent protestants, dès qu'on connaît leur résolution, afin de les faire condamner, et, par là, d'intimider les populations.

« Celui-ci est accusé d'avoir gardé de l'argent, produit d'une quête en faveur de la réparation de l'église, argent dont il n'a pas vu la couleur ; celui-là, de déclarer que les Français vont bientôt quitter Madagascar et seront heureusement remplacés par les Anglais. Un troisième devient un traître à la France, un Anglais, etc. Alors les gens sont terrorisés. Ils ont peur, s'ils reviennent à nous, d'être l'objet de certaines accusations, et d'être condamnés, surtout quand il s'agit de questions d'argent. Et voici comment trop souvent cela se passe (je le tiens d'un homme bien placé) : quand quelques Malgaches veulent du mal à un de leurs compatriotes, ils se réunissent, cherchent un fait imaginaire, accusent et viennent, faux témoins, affirmer la chose comme vraie. Vous voyez d'ici ce qui peut se passer dans le domaine religieux. On n'accusera pas nos gens de se faire protestants, on sait aujourd'hui qu'on peut le devenir ; mais on cherchera, on inventera quelque autre chose...

« En ma présence, dans un village où j'étais allé, deux hommes vont déclarer à l'instituteur que dorénavant leurs enfants iront à l'école protestante française ; immédiatement celui-ci les saisit et les emmène de force pour les accuser. J'interviens, on me parle insolemment, et c'est à grand-peine que j'obtiens qu'on relâche ces hommes. »

Pour bien comprendre ces faits et bien d'autres, il faut se souvenir que les districts passés à la Mission Française étaient les plus misérables, ceux où les Jésuites, fort bien informés, avaient su trouver le moins de résistance. Ailleurs, comme au Vonizongo, c'était le fahavalisme qui avait détruit les temples, et, le pays une fois pacifié, les fidèles rebâtirent les édifices démolis et se groupèrent d'eux-mêmes autour de leurs anciens missionnaires. Les menaces catholiques ne purent, dans ces régions-là, entamer la masse. Et même parfois, dans des endroits reculés, les prêtres se heurtèrent à des résistances imprévues. M. Bénézech, parlant d'une visite dans un village à huit heures à l'est de Fianarantsoa près de la forêt de Sahavondrina, déclare y avoir trouvé toute la communauté intacte.

« Cette petite église, dit-il, est restée toujours debout au milieu de tant de ruines. Il y a 24 élèves à l'école et 45 adultes au culte du dimanche. Et il n'y a pas de pasteur ! L'évangéliste qui a la surveillance de l'église habite à quatre heures de là. C'est une femme, l'institutrice, qui est et qui a été la colonne de cette petite Église. Il est vrai qu'elle est très bien (je ne parle pas du physique), cette institutrice. Elle a l'air d'une femme de tête, très éveillée et laborieuse. En quoi elle est supérieure à beaucoup d'instituteurs, qui n'ont pas encore su secouer complètement le vice originel des Betsileos, la paresse. Évidemment cette femme était faite pour donner du courage aux autres, et ce n'est pas avec des menaces qu'on en fera une catholique... »

L'année 1898 vit une amélioration très nette de la situation.
Le Général Gallieni, tout à fait éclairé sur les événements, donna des ordres précis, fit rendre la plupart des lieux de culte et fit comprendre aux Jésuites qu'on ne tolérerait plus les ingérences directes des prêtres dans la conduite politique des provinces. Il profita d'ailleurs de plusieurs occasions pour indiquer officiellement les idées auxquelles il était parvenu sur ces questions, qui l'avaient d'abord surpris, et pour exprimer la reconnaissance du gouvernement pour les services rendus par toutes les missions protestantes.

Le 24 janvier 1898, invité à l'inauguration du nouveau bâtiment construit par la Mission protestante française pour y abriter l'ancienne école du Palais, passée sous la direction de M. Ducommun, le Général prononça d'un ton énergique, devant tous les Malgaches assemblés, un discours où se trouvaient ces paroles :
« On a essayé de vous faire croire que catholique voulait dire Français et que protestant signifiait Anglais. Eh bien ! ce n'est pas vrai. La preuve, c'est que ces messieurs ici présents, sont protestants et Français. Je les remercie d'être venus ici pour vous enseigner leur religion, vous instruire et chercher à vous rendre meilleurs. Je n'ai pas de meilleurs collaborateurs dans ma grande tâche colonisatrice... »

Au concours agricole, ouvert en avril 1899, il déclarait d'une façon plus explicite encore :
« Vous pouvez et savez apprécier tous les jours les services désintéressés que Vous rendent les diverses missions établies dans l'île et qui remplissent, avec un dévouement au-dessus de tout éloge, le but humanitaire qu'elles se sont imposé vis-à-vis de vous. La France entretient les rapports les plus cordiaux avec toutes les puissances, et ici-même, autour de moi, vous voyez les représentants des missions étrangères qui nous apportent leur collaboration dans l'oeuvre de civilisation et d'humanité que la France a entreprise à Madagascar. »

Ce qui s'imposa dès lors aux missionnaires protestants, ce fut la réorganisation, on peut dire intérieure, d'une oeuvre que la tempête venait de secouer et d'ébranler de si douloureuse façon, réorganisation portant à la fois sur les églises et sur les écoles.
Pour ces dernières, il fallait à la fois relever les bâtiments, introduire des méthodes plus modernes, préparer des centaines d'instituteurs indigènes à un enseignement tout nouveau pour eux, celui du français, et bientôt même y créer de toutes pièces un enseignement agricole et professionnel.
Mais ce qui importait avant tout, c'était de remettre de l'ordre dans la confusion qui avait fini par s'établir dans beaucoup d'églises, à la suite des vicissitudes traversées. Le système instauré par la Mission de Londres n'avait d'ailleurs guère aidé l'église malgache à résister à l'attaque qu'elle avait subie.

C'est ce que met en lumière un rapport présenté par M. Vernier en octobre 1898.
« Les Églises malgaches dont la direction nous a été confiée, dit-il, manquent de cohésion. C'est un fait qui s'impose dès l'abord à l'observateur le plus bienveillant. Nous ne sommes pas devant un corps ecclésiastique, mais en face de membra disjecta. Il se peut que les derniers événements aient été pour beaucoup dans cette émiettement de l'église malgache ; nous croyons pourtant que nos devanciers ont trop sacrifié au congrégationalisme. Ce système de gouvernement religieux peut convenir à des communautés de croyants solides, mais les Églises malgaches sont encore des mineures en, la foi...

« Notre tâche d'éducateurs religieux n'est pas seule à nous dicter la recherché d'une meilleure organisation ; une sorte de nécessité historique et d'instinct de conservation conspire aussi à nous l'imposer. Pendant la crise récente, les Églises malgaches ont vu les quelques liens qui les unissaient se relâcher encore ou se rompre complètement. N'est-il pas à craindre que tous ces membres écartelés ne finissent par mourir tout à fait ? Le moment de les rapprocher, avant d'appeler l'esprit de vie et de résurrection n'est-il pas venu ? Il faut sans tarder nous mettre à l'oeuvre et communiquer à nos églises le sentiment, la conviction qu'elles sont un corps capable de vivre, de lutter, de vaincre... »

Aussi le Comité des Missions décida-t-il d'envoyer, en juillet 1898, son directeur, M. Boegner, accompagné d'un missionnaire expérimenté du Lessouto, M. Germond, afin d'aider les missionnaires de Madagascar à orienter leur oeuvre et à établir définitivement leur plan de travail.
Cette délégation eut le plus heureux effet sur l'avenir de la Mission et fut reçue avec joie par tous les missionnaires protestants, français ou étrangers. Elle contribua à dissiper les dernières préventions qui pouvaient subsister en haut lieu contre la Mission de Londres, et redonna courage à ses représentants.
Elle jeta les bases d'un presbytérianisme qui peu à peu a agi sur l'ensemble des églises protestantes de l'île, donnant une autorité toujours plus grande aux assemblées représentatives formées des délégués des diverses communautés de fidèles.
Elle réussit aussi à amener de précieuses modifications dans la politique scolaire officielle.
Tout d'abord on plut envisager la rétrocession à la Mission de Londres des écoles se trouvant dans les districts qu'elle gardait, et dont la Mission de Paris avait dû assumer la direction au lendemain de la conquête française.

D'autre part, on put attirer l'attention du Gouverneur Général sur les inégalités choquantes dans la façon dont le gouvernement de la colonie traitait les écoles catholiques et les écoles protestantes.
La délégation, s'efforça, en s'appuyant sur ce qui se faisait au sud de l'Afrique, de faire adopter le principe de l'école libre subventionnée, appliqué à tous au prorata des efforts faits et des résultats obtenus.
Le Général déclara que les propositions des délégués lui ouvraient des horizons nouveaux. De fait, il s'en inspira très largement dans le décret sur l'enseignement qu'il fit paraître en avril 1899, tout en, procédant avec la plus extrême prudence. Il avait, en effet, à tenir compte des résistances que l'idée elle-même de collaboration avec les écoles privées devait rencontrer dans certains milieux coloniaux. D'ailleurs il ne put offrir, à cause des ressources limitées de son budget, que des subventions très modestes, plus théoriques que pratiques.

Cependant toutes les Missions, ainsi encouragées, firent de sérieux efforts et engagèrent de grosses dépenses pour collaborer véritablement avec le gouvernement dans l'éducation des Malgaches.
La Mission française reçut à cette époque d'assez importants subsides de la Société pour le développement de l'Instruction primaire parmi les protestants de France.
Elle organisa une école normale, qui sous la forte impulsion de M. Groult, son directeur, devint un des établissements d'instruction les plus en vue de l'île.
Visitant cette école normale quelque temps après, l'inspecteur officiel déclarait qu'on n'avait encore fait dans aucune école un effort semblable sous le rapport des travaux manuels.

Les Missions étrangères suivaient avec ardeur le mouvement dont la Mission française avait pris la tête, et, avec un désintéressement et un zèle de tous points dignes d'éloges, créaient des écoles nouvelles, ou en réorganisaient d'anciennes, comme leur grande école industrielle d'Isoavina.

Les statistiques de 1903 soulignent les progrès accomplis pendant les deux années du fonctionnement de l'arrêté de 1901.
La Mission de Londres avait plus de 350 écoles en Imerina et près de 300 au Betsileo, avec un total de près de 40.000 enfants des deux sexes.

Les Quakers avaient 210 écoles fréquentées par 13.000 élèves.

L'oeuvre des Norvégiens était l'objet d'une description flatteuse dans le Journal Officiel du 6 avril 1901.
« Cette Mission est au nombre des plus importantes : elle a 900 établissements scolaires... Elle a fait depuis deux ans un effort considérable pour organiser ses écoles comme le désire la Colonie, et son oeuvre du Vakinankaratra est des plus prospères. »
La même Mission en 1903 avait 974 écoles avec 50.000 élèves.

Les Missions luthériennes du sud possédaient, de leur côté, une soixantaine d'écoles avec 75 maîtres, et cela dans les régions les plus arriérées de l'île, tandis que la Mission anglicane présentait un ensemble d'environ cent écoles.

Mais c'était encore la Mission française qui avait su maintenir son effort au maximum.
À Ambositra, comme à Fianarantsoa et Tananarive, elle avait créé de grandes écoles supérieures et professionnelles. À Mahereza, M. Rusillon avait une grande section d'élèves menuisiers.
Mme Escande, spécialiste des écoles maternelles, avait pris l'initiative, encouragée par le Colonel Lyautey, alors Résident du Sud, d'en créer une modèle à Fianarantsoa.
Dans la campagne, le nombre des écoles primaires ressortissant de la Mission française approcha de 600. Cette Mission fut d'ailleurs l'objet de louanges officielles répétées de la part des autorités de la Colonie.
Pour marquer d'une façon ostensible l'estime dans laquelle il tenait la Mission, le Général proposa au ministre de nommer M. Delord, doyen des pasteurs français à l'oeuvre à Madagascar, chevalier de la Légion d'honneur, ce qui fut fait.

Une autre tentative intéressante fut la création d'un cours secondaire à l'usage des indigènes désireux de posséder des connaissances littéraires et scientifiques un peu plus approfondies. Ce cours, organisé par M. Chazel, prit le nom d'École Paul Minault et fut particulièrement bien accueilli de l'élite de la population indigène.

La préparation des collaborateurs indispensables pour la desserte des églises préoccupait tout particulièrement les missionnaires.
Il fallait de toute nécessité que la Mission française possédât un établissement où elle préparerait ses collaborateurs religieux et leur communiquerait ses principes et ses méthodes. Elle ne pouvait se contenter toujours de ceux que la Mission de Londres voulait bien mettre à sa disposition.

Le rapport de la Conférence générale de 1900 renfermait ces lignes :
« La majorité des rapports se rencontrent pour constater quel appui fort et quelle aide précieuse nous pouvons trouver dans nos collaborateurs indigènes « lorsqu'ils ont donné des preuves d'un zèle vraiment apostolique, simplement, humblement et d'une façon désintéressée. »

« Mais ces auxiliaires malgaches, véritablement consacrés à l'oeuvre de Dieu, sont justement ce qui manque le plus à notre mission. Tous les missionnaires chargés de districts, sans exception, concluent à la nécessité d'ouvrir, le plus tôt possible, une école d'évangélistes où, conformément à nos méthodes, nous préparerons nos futurs collaborateurs indigènes.

« Cette école est notre suprême espoir ; nous croyons qu'il faut la commencer d'urgence, en prenant le personnel qui en sera chargé dans les rangs des missionnaires déjà à l'oeuvre ici. Il semble à certains que, même dans le cas où le Comité nous enverrait de France un homme réellement qualifié pour cette belle tâche, il vaudrait mieux pour son futur ministère qu'il se mette d'abord au courant des habitudes de notre mission, du caractère et de la langue malgaches en prenant, pendant quelques mois, la direction d'un district ordinaire. C'est ainsi que l'école profitera des expériences faites. Quelques missionnaires croient aussi qu'il serait bon que cette école fût à la campagne. Les élèves y trouveraient plus de recueillement. Il serait plus facile d'opérer un triage sérieux entre les divers candidats à admettre. Le directeur pourrait faire faire à ses élèves des études pratiques de visites et de prédications dans les Églises qui entourent l'école. Les élèves seraient ainsi, dès leurs années de préparation, dans le cadre et les circonstances où il leur faudra plus tard travailler.

« Devant l'immensité de notre oeuvre, en présence de districts aussi vastes que ceux l'Ambohibeloma, Ambositra, Fihaonana et Tsiafahy, lorsque nous constatons que les renforts que nous réclamons en vain, dans le sentiment de notre faiblesse et de notre insuffisance, les Églises de France ne nous les envolent pas, nous sentons que notre personnel européen ne sera jamais suffisant pour couvrir véritablement de l'influence chrétienne les étendues qui sont confiées à nos soins. Nous avons donc besoin de collaborateurs malgaches et nous avons déjà trop tardé à les recruter et à les préparer. »

On ne put ouvrir cette école qu'en 1902. Encore M. Vernier, son directeur désigné, rapatrié momentanément pour cause de santé, dut-il laisser à son jeune collègue M. Mondain le soin de l'ouvrir et de la diriger pendant les dix-huit premiers mois.

Des règles très strictes devaient présider au choix de candidats auxquels chaque missionnaire de district, après une sérieuse enquête, adresserait un appel. Le cours des études était fixé à trois ans, mais à trois ans complets d'études intensives avec de très courts congés. Tous les livres de la Bible devaient être passés en revue pendant ce cycle de trois ans, ainsi que toutes les disciplines reconnues indispensables à celui auquel serait confiée une paroisse. La suite devait montrer la sagesse de ces dispositions.